粪肠球菌根据最新分类原则粪链球菌又叫粪肠球菌。应用C多糖抗原，根据兰氏(Lancefield)血清学分类，可将链球菌分成许多群。粪链球菌属于D群。D群链球菌分肠球菌和非肠球菌两类。 

肠球菌普遍存在于自然界，一般栖居在各种温血和冷血动物的腔肠，甚至昆虫体内，也是健康人体的上呼吸道，口腔或肠道的常居菌。在人类粪便中的数量仅次于大肠菌群，每克成人的粪便中约含2×10个。粪肠球菌广泛分布在畜、禽养殖场所和畜、禽产品生产加工的环境中，存在于人和动物上呼吸道、消化道、生殖道内。

肠球菌是一类革兰氏阳性、过氧化氢酶阴性的微生物，能利用葡萄糖进行同型发酵，产生L型乳酸，也能从氨基酸降解中获得能量。它们拥有磷酸烯醇丙酮酸磷酸转移酶系统(PEP-PTS)，从而能够吸收利用乳糖和其他的碳水化合物，包括葡糖酸。肠球菌常被用作食品安全的指示菌，它可能与通过食物传染的疾病有关。在南欧生产的干酪中，人们用肠球菌作为发酵剂。此外，商业上人们也利用它们作为益生菌，以便预防和治疗肠道菌群失调疾病。所有肠球菌中，仅有粪肠球菌和屎肠球菌可以作为重要的益生菌。这两种肠球菌可以借助它们对阿拉伯糖和山梨糖醇的发酵状况，借助它们在生长温度等方面的差异区分开来。粪肠球菌是人和动物肠道中的正常菌群，也是一种重要的乳酸菌，具有较好的肠道粘附能力，能产生乳酸及一些抗菌物质，抑制肠道腐-败菌、致病菌的繁殖及肠道感染，降低腹泻率，促进营养物质的消化吸收，增强免疫力，提高采食量及饲料转化率，促进动物健康，是畜牧生产及食品工业首-选使用的益生菌菌种之一。

细菌分类学上，肠球菌属早期并不存在，现今的一些菌种本归属于链球菌属,1989年，依据Facklam和Collins的分类，肠球菌属内包括十二个种及一个变异株，它们是:

粪肠球菌(E. faecalis)屎肠球菌(E. faecium)

芒地肠球菌(E.mundii) 恶臭肠球菌(E.maladoratum)

棉子糖肠球菌(E.raffinosus) 假鸟肠球菌(E.pseudoavium)

粪肠球变异株(E.faecalis var)。

鸟肠球菌(E.avium) 酪黄肠球菌(E.casseliflavus)

希拉肠球菌(E.hirae) 孤立肠球菌(E.solitarius)

坚忍肠球菌(E.durans) 鸡肠球菌(E.galinarum)