细菌的形态与结构特征是细菌鉴定的重要依据，但其可受外界环境及细菌生长周期等的影响而发生改变，因此进行细菌形态与结构检查时，需考虑培养条件、标本来源等因素。

一、显微镜观察法

细菌形体微小，肉眼不能直接看到，必须借助显微镜放大后才能观察到。

1.普通光学显微镜  普通光学显微镜(light microscope)以可见光为光源，波长0.4~0.7μm，平均约0.5μm。其最大分辨率为光波波长的一半，即0.25μm。常用油镜观察细菌(放大1000倍)。为增加其与周围环境的对比度，以便清楚观察细菌的形态与部分结构，需将细菌进行染色。

2.电子显微镜  电子显微镜(electrn microscope)是利用电子流代替可见光波，以电磁圈代替放大透镜。电子波长极短，约为0.005nm，其放大倍数可达数十万倍，能分辨1nm的微粒。不仅能看清细菌的外形，还可观察内部超微结构。目前使用的电子显微镜有两类，即透射电子显微镜(transmission electron micxoscope,TEM)和扫描电子显微镜(scanning electron microscope,SEM)。SEM的分辨率一般较 TEM 低，但可清楚地观察物体的三维形貌和表面结构。配合电子显微镜观察使用的标本制备方法有磷钨酸或钼酸铵负染色、投影法、超薄切片、冰冻蚀刻法等。电子显微镜标本须在真空干燥的状态下检查，故不能观察活的微生物。此外，还有暗视野显微镜(darkfield microscope)、相差显微镜(phase contrast microscope)、荧光显微镜(Huorescence microscope)和激光共聚焦显微镜(confocal laser scanning microscope)等，适用于观察不同情况下的细菌形态和/或结构。

二、染色法

细菌体形小、半透明,经染色后才能观察较清楚。细菌等电点为pH2~5,在中性或碱性环境中带负电荷，易与带正电荷的碱性染色剂结合而染上颜色。酸性染色剂不能使细菌着色，而使背景着色形成反差，故称为负染(negative staining)。

染色法有多种，Z常用和最重要的分类鉴别染色法是革兰氏染色法，由丹麦细菌学家汉斯·克里斯蒂安·革兰(Hans Christian Gram,1853-1938)于1884年创建。革兰氏染色法是将标本固定后，先用碱性染料结晶紫初染，再加碘液媒染，然后用95%乙醇脱色，最后用稀释复红复染，染成紫色的细菌为革兰氏阳性菌，染成红色者为革兰氏阴性菌。革兰染色法在鉴别细菌、了解细菌致病性和指导选择抗菌药物等方面具有重要的意义。

细菌染色法中，还有单染色法、抗酸染色法以及荚膜、芽胞、鞭毛、细胞壁、核质等特殊染色法。抗酸染色法主要用于结核分枝杆菌、麻风分枝杆菌等抗酸性细菌的鉴别。